

Citation: YANG Jin, MA Qiseng, ZHONG Ying, ZHU Longbao, GE Fei, TAO Yugui, SONG Ping. Solid-Phase Synthesis of Cyclohexapeptide Thermoactinoamide A and Its Antibacterial Activity[J]. Chinese Journal of Applied Chemistry, 2019, 36(6): 677-682. doi: 10.11944/j.issn.1000-0518.2019.06.180364

环六肽Thermoactinoamide A的固相合成及其抗菌活性
-
关键词:
- Thermoactinoamide A
- / 固相合成
- / 环肽
- / 抑菌活性
English
Solid-Phase Synthesis of Cyclohexapeptide Thermoactinoamide A and Its Antibacterial Activity
-
Key words:
- thermoactinoamide A
- / solid-phase synthesis
- / cyclic peptide
- / antibacterial activity
-
天然抗生素在对抗耐药细菌方面发挥着重要的作用[1-2]。目前已经批准上市的20多种抗生素中,仅有3种(磺胺药物,喹诺酮和恶唑烷酮)不是基于天然抗生素结构研发的药物[3]。研究生活在特殊环境中的微生物,更有可能发现新的天然抗生素[4]。Thermoactinomide A是从冰岛嗜热细菌菌株ISCAR 2354中分离出的一种由D型和L型氨基酸组成的新型环六肽,由6个氨基酸残基构成,结构为:Cyclic[D-Tyr-D-allo-Ile-L-Leu-D-Leu-L-Leu-L-Val](图 1),相对分子质量为714.47[5-6]。基于环状抗菌肽的不断发现,含有D/L混合型的结构被认为是很有前景的抗菌先导化合物[7-9]。自2017年发现以来,对其研究仅局限于分离、纯化及结构鉴定等工作。由于在自然界中的含量非常低,要对其进行抗菌机理,构效关系研究,仅依靠从微生物代谢产物中提取无法满足需要。因而,采用固相-液相两步法对其进行化学合成,探讨固相合成条件对天然环肽收率的影响及环肽的抗菌性能,以满足目前天然多肽抗菌机理、构效关系研究的需要。
图 1
1. 实验部分
1.1 仪器和试剂
Bruker Ultrashield 400 PLUS型核磁共振谱仪(NMR,德国Bruker公司),TMS为内标,DMSO为溶剂;LC-20A型高效液相色谱仪(HPLC,日本岛津公司);ChiralPak AS-H型色谱柱(日本DAICEL Chemical公司);LCMS-8030型三重四极杆质谱仪(MS, 日本岛津公司);UV-2450型紫外分光光度计(日本岛津公司)。
Fmoc-氨基酸、2-氯三苯甲基氯树脂、2-(7-氧化苯并三氮唑)-N, N, N′, N′-四甲基脲六氟磷酸酯(HATU)购自于上海吉尔生化有限公司;N, N′-二异丙基乙胺(DIPEA)、六氟磷酸苯并三唑-1-基-氧基三吡咯烷基(PyBOP)、1-羟基苯并三氮唑(HoBt)、冰醋酸均购自上海阿拉丁生化科技股份有限公司;无水二氯甲烷(DCM)、无水N, N-二甲基甲酰胺(DMF)、二甲基亚砜(DMSO)购自上海阿达玛斯试剂有限公司;GE Healthcare Sephadex LH-20购自广州市齐云生物技术有限公司;牛肉膏、可溶性淀粉、酸水解酪蛋白均购自国药集团化学试剂有限公司。以上试剂纯度均为分析纯。肺炎链球菌Streptococcus pneumoniae NCTC 7466、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus ATCC 29213、枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis ATCC 6051和Bacillus subtilis ATCC 6633由安徽工程大学微生物发酵安徽省工程技术研究中心提供。
1.2 实验方法
天然抗菌环肽Thermoactinoamide A的固相合成按Scheme 1路线进行合成[6]。
Scheme 1
1.2.1 直链肽树脂的合成
称取二氯三苯基氯树脂1000 mg(载样量为1.03 mmol/g)加入到固相合成反应管中,加入20 mL DCM浸泡0.5 h,抽干待用。将Fmoc-D-Tyr(tBu)-OH(322 mg,0.7 mmol)和DIPEA(754 μL,4.3 mmol)混溶于10 mL DCM,加入到抽干待用的树脂中,通入N2气,反应2 h,抽滤后,分别用DCM和DMF各洗涤3遍。加入20 mL V(甲醇):V(DCM)=1:4的混合液,反应0.5 h,对未反应完的树脂进行封闭,抽滤后,分别用DCM和DMF各洗涤3遍,抽干待用,随机取出10多粒树脂放入检测管中,滴加检测试剂,沸水浴1 min,树脂无颜色变化,表明得到Fmoc-Tyr(tBu)-Resin(1)。
向反应管中加入20 mL V(哌啶):V(DMF)=1:4的混合溶液,反应30 min,用于脱除Fmoc保护基。反应结束后,分别用DCM和DMF各洗涤5遍,抽干待用,随机取出10多粒树脂放入检测管中,滴加检测试剂,沸水浴1 min,树脂变蓝,表明得到NH2-Tyr(tBu)-Resin(2)。重复上述连接氨基酸的步骤,在加入缩合试剂TBTU(278 mg,0.9 mmol)和DIPEA(661.6 μL,3.6 mmol)的情况下,依次接入Fmoc-D-allo-Ile-OH、Fmoc-L-Leu-OH、Fmoc-D-Leu-OH、Fmoc-L-Leu-OH和Fmoc-Val-OH,重复缩合→脱保护→缩合的步骤,每步反应结束后,通过检测试剂监测反应的进程,最终得到NH2-Val-L-Leu-D-Leu-L-Leu-D-allo-Ile-Tyr(tBu)-Resin(3)。
1.2.2 直链肽树脂的切割
按照V(冰醋酸):V(三氟乙醇):V(DCM)=1:1:8的比例配制切割试剂。将1.2.1节中得到的直链肽树脂(3),抽滤1 h,得到干燥的黄色固体,转移至50 mL离心管中,加入30 mL切割试剂,0 ℃,振荡反应2 h,将滤液抽滤至100 mL茄型瓶中,减压浓缩,得到淡黄色粉末状固体1988 mg,即直链肽(4)的粗品。
1.2.3 直链肽的分离纯化
将直链肽的粗品用甲醇溶解,通过制备型HPLC纯化。色谱条件:制备柱为C18反向柱(250×50 mmol/L,5 μm);检测波长220 nm;流动相A为0.08%(体积分数)TFA的乙腈溶液,流动相B为0.08%(体积分数)TFA的水溶液,梯度洗脱(0~30 min,流动相A:20%~80%);流速30.0 mL/min。直链肽纯品保留时间为15.92 min,经冷冻干燥,得到1863 mg,收率84%。
直连肽(4)白色粉末状的固体,收率84%;LC-MS计算值C38H62N6O7 [M+H]+ 789.55,[M+Na]+ 811.50实测值[M+H]+ 789.55,[M+Na]+ 811.50。
1.2.4 直链肽的环合
分别称取HoBt(428.4 mg,3.2 mmol)、PyBOP(1649.7 mg,3.2 mmol)和DIPEA(1104 μL,6.4 mmol)溶于500 mL无水DCM溶剂中,将溶液加入到2000 mL茄型瓶中。再称取直链肽500 mg溶于500 mL(300 mL无水DCM和200 mL无水DMF),将溶液添加到恒压滴液漏斗中。将上述装置连接后抽真空,充Ar气保护,茄型瓶置于0 ℃的冰水中,缓慢滴加恒压滴液漏斗中的溶液,10 h滴加完毕后,室温反应过夜。先使用水泵减压蒸馏,除去反应液中的DCM,再使用油泵对其减压蒸馏,除去反应液中的DMF。以甲醇为缓冲液,用Sephadex LH-20凝胶柱,收集含有多肽溶液的部分,合并在茄型瓶中,减压蒸馏,得淡黄色粉末状固体366 mg,即带侧链保护基的环六肽(5)的粗品。
1.2.5 脱保护
将带侧链保护基的环六肽粗品置于50 mL离心管中,加入V(TFA):V(DCM)=9:1的混合溶剂15 mL,振荡2 h,将混合溶液转移至茄型瓶中,减压蒸馏,得淡黄色粉末状固体,即环肽Thermoactinomide A的粗品。
1.2.6 环肽Thermoactinomide A的分离纯化
将环肽Thermoactinomide A的粗品用甲醇溶解,通过制备型HPLC纯化。色谱条件:制备柱为C18反向柱(250×50 mmol/L,5 μm);检测波长220 nm;流动相A为0.08%(体积分数)TFA的乙腈溶液,流动相B为0.08%(体积分数)TFA的水溶液,梯度洗脱(0~20 min,流动相A:20%~80%);流速30.0 mL/min。环肽Thermoactinomide A纯品保留时间为20.27 min,经冷冻干燥,得到白色粉末状的固体255 mg,由直链肽合成Thermoactinomide A的收率为51%。
化合物(5)白色粉末状的固体,产率51%;1H NMR(400 MHz, DMSO), δ:9.27(s, 1H), 8.52~8.44(d, J=8.0 Hz, 1H), 8.25~8.18(d, J=8.4 Hz, 1H), 8.11~7.97(t, J=15.8 Hz, 3H), 7.92~7.88(d, J=8.0 Hz, 1H), 7.10~7.04(d, J=8.8 Hz, 2H), 6.66~6.62(d, J=8.0 Hz, 2H), 4.63~4.58(m, 1H), 4.38~4.31(m, 2H), 4.23~4.16(m, 2H), 3.61~3.57(m, 1H), 2.87~2.80(m, 1H), 2.70~2.62(m, 1H), 2.13~2.06(dd, J=12.2, 8.0 Hz, 1H), 1.73~1.65(m, 1H), 1.64~1.54(m, 3H), 1.52~1.40(m, 7H), 1.10~1.03(m, 1H), 0.93~0.77(m, 30H);13C NMR(100 MHz, DMSO), δ:174.34, 172.20, 171.85, 171.12, 171.00, 156.36, 130.57, 128.03, 115.37, 57.42, 54.77, 50.96, 50.50, 41.41, 41.27, 40.56, 40.35, 40.15, 39.94, 39.73, 39.52, 39.31, 36.98, 30.42, 24.64, 24.58, 24.41, 23.59, 23.46, 23.36, 22.19, 22.11, 21.69, 18.87, 18.86, 17.44, 15.61, 11.26;LCMS计算值C38H62N6O7 [M+H]+ 715.47,[M+Na]+ 737.49,实测值[M+H]+ 715.47,[M+Na]+ 737.49。
1.3 Thermoactinomide A的抑菌活性实验
抑菌实验的测定方法参照文献提供的CLSI-M27A3稀释法[10]。
2. 结果与讨论
2.1 DIPEA的添加量对直链肽合成的影响
为了提高带保护基的直链肽的合成纯度,省去对带保护基的直链肽进行分离纯化的步骤,分别采用HATU和TBTU作为缩合试剂,研究DIPEA的添加量对氨基酸链连接的影响。控制树脂与第1个氨基酸相连时DIPEA的添加量(6倍化学计量),研究合成路线中从(2)到(3)添加不同DIPEA的量对直链肽(4)纯度的影响,结果如表 1所示,采用TBTU为缩合试剂时,随着DIPEA的量的增加,直链肽的纯度在不断提升,但化学计量超过5倍后,直链肽纯度的不再增加;采用HATU为缩合试剂时,随着DIPEA的量的增加,直链肽的纯度在不断下降,可能是环境中的碱性增加导致氨基酸活泼酯生成的较快,伴随着杂质的增多。鉴于HATU的价格较TBTU高,缩合试剂采用TBTU,同时选用5倍化学计量的DIPEA与TBTU对氨基酸链进行连接。
表 1
表 1 DIPEA的添加量不同对直链肽(4)纯度的影响Table 1. Effect of the amount of different DIPEA added on the purity of linear peptide(4)Stoichiometry of DIPEA Yield of 4/% HATU TBTU 2 58.6 45.9 3 82.6 74.8 4 82.7 77.9 5 79.3 84.1 6 79.5 84.3 2.2 溶剂对直链肽环合的影响
在直链肽环合过程中,使用无水DCM作为溶剂进行的环合,后续减压蒸馏溶剂时,操作相对简单;而使用含有DMF的DCM混合溶剂进行环合后,在减压蒸馏时,首先需要使用水泵除去混合液中的DCM,其次再使用油泵在液氮的辅助条件下除去DMF,工作量和操作步骤相对增加,但环肽得率会相对提高。为此实验通过研究合成路线中从(4)到(5)对直链肽使用不同比例的无水DCM和DMF进行溶解,从而研究溶剂对直链肽环合得率的影响,结果列于表 2。从表 2可知,采用不同比例的无水DCM和DMF混合液对环合收率有很大影响,随着DMF比例的增加,环合收率也在不断提高。当DCM和DMF的体积分别为300和200 mL时,产物的收率为73.3%,此产率虽略低于随后DMF比例增加得到的环合产率,但考虑到后续对混合溶剂处理的工作量,因此采用该比例较为合适。
表 2
表 2 采用不同比例的无水DCM和DMF混合液对环合产物的影响Table 2. Effect of different ratios of anhydrous DCM and DMF mixture on cyclization productsV(DCM):V(DMF)/mL 500:0 400:100 300:200 200:300 100:400 0:500 m(Cyclohexapeptide)/mg 96.6 274.9 366.3 372.6 369.0 375.3 Yield of Cyclohexapeptide/% 19.3 55 73.3 74.5 73.8 75.1 2.3 pH值对环合产率的影响
通过控制环合体系中初始pH值,探究酸碱度对环合产率是否有一定的影响,实验结果如表 3所示。从表 3可知,在酸性和中性条件下,直链肽不能发生环合;碱性条件下能够发生,但并不是碱性越强环合收率越高,最适合的条件为pH=8.0左右,环合收率最高,达到73.1%,该结果可能是酸性和中性条件下氨基酸不能形成相应的活泼酯,碱性过强时容易造成线性肽不同程度的聚合,从而不能使线性肽发生自身缩合。
表 3
pH 6.0 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 m(Cyclohexapeptide)/mg 0 0 199.0 366.3 365.5 228.5 Yield of cyclohexapeptide/% 0 0 39.8 73.3 73.1 45.7 2.4 Thermoactinomide A抑菌活性分析
采用CLSI-M27A3稀释法测定最小抑菌浓度(MIC),研究Thermoactinomide A对4种革兰氏阳性菌的最小抑菌浓度,同时以万古霉素为阳性对照,结果表 4所示。由表 4可知,Thermoactinomide A对肺炎链球菌Streptococcus pneumoniae NCTC 7466、枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis ATCC 6051和ATCC 6633的抑菌效果不明显,对金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus ATCC 29213的最小抑菌浓度为32 μg/mL。
表 4
表 4 Thermoactinomide A的最小抑菌浓度(MIC, μg/mL)Table 4. Antibacterial activities(MIC, μg/mL) of Thermoactinomide AGram-positive bacteria Streptococcus pneumoniae
NCTC 7466Staphylococcus aureus
ATCC 29213Bacillus subtilis
ATCC 6051Bacillus subtilis
ATCC 6633Thermoactinomide A 64±2 32±2 >128 >128 Vancomgcin 1±0.5 1±0.5 1±0.5 1±0.5 3. 结论
报道了一种天然抗菌环肽Thermoactinomide A的高效合成法。以笏甲氧羰基-O-叔丁基-D-酪氨酸为原料,在Fmoc固相合成的基础上,通过优化N, N′-二异丙基乙胺(DIPEA)的投料量,获得纯度较高的直链肽,再通过优化环合体系中无水DCM和DMF混合液的配比以及初始pH值,获得环合收率较高的环肽Thermoactinomide A,这种快速高效合成方法的建立,结合其侧链具有裸露—OH的特点,为下一步对该化合物的改造提供了基础。最后通过抑菌活性实验结果表明,Thermoactinomide A对金黄色葡萄球菌有良好的抑菌活性,也为进一步研发新的抗菌药物提供了参考和理论依据。
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表 1 DIPEA的添加量不同对直链肽(4)纯度的影响
Table 1. Effect of the amount of different DIPEA added on the purity of linear peptide(4)
Stoichiometry of DIPEA Yield of 4/% HATU TBTU 2 58.6 45.9 3 82.6 74.8 4 82.7 77.9 5 79.3 84.1 6 79.5 84.3 表 2 采用不同比例的无水DCM和DMF混合液对环合产物的影响
Table 2. Effect of different ratios of anhydrous DCM and DMF mixture on cyclization products
V(DCM):V(DMF)/mL 500:0 400:100 300:200 200:300 100:400 0:500 m(Cyclohexapeptide)/mg 96.6 274.9 366.3 372.6 369.0 375.3 Yield of Cyclohexapeptide/% 19.3 55 73.3 74.5 73.8 75.1 表 3 溶液的不同pH值对环合收率的影响
Table 3. Effect of different pH of solution on cyclization yield
pH 6.0 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 m(Cyclohexapeptide)/mg 0 0 199.0 366.3 365.5 228.5 Yield of cyclohexapeptide/% 0 0 39.8 73.3 73.1 45.7 表 4 Thermoactinomide A的最小抑菌浓度(MIC, μg/mL)
Table 4. Antibacterial activities(MIC, μg/mL) of Thermoactinomide A
Gram-positive bacteria Streptococcus pneumoniae
NCTC 7466Staphylococcus aureus
ATCC 29213Bacillus subtilis
ATCC 6051Bacillus subtilis
ATCC 6633Thermoactinomide A 64±2 32±2 >128 >128 Vancomgcin 1±0.5 1±0.5 1±0.5 1±0.5 -

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