毛细管电泳法研究核酸库容量对蛋白质适配体筛选的影响

李林森 朱超 赵毅 杨歌 屈锋

引用本文: 李林森,  朱超,  赵毅,  杨歌,  屈锋. 毛细管电泳法研究核酸库容量对蛋白质适配体筛选的影响[J]. 分析化学, 2020, 48(5): 615-622. doi: 10.19756/j.issn.0253-3820.191693 shu
Citation:  LI Lin-Sen,  ZHU Chao,  ZHAO Yi,  YANG Ge,  QU Feng. Investigation of Library Input on Aptamers Selection Efficiency Using Capillary Electrophoresis[J]. Chinese Journal of Analytical Chemistry, 2020, 48(5): 615-622. doi: 10.19756/j.issn.0253-3820.191693 shu

毛细管电泳法研究核酸库容量对蛋白质适配体筛选的影响

  • 基金项目:

    本文系国家自然科学基金项目(Nos.21675012,21874010,21827810)资助

摘要: 毛细管电泳(CE)具有高分辨、快速分离、样品用量小和无需固相介质等优点,是高效筛选核酸适配体的方法之一。然而,由于CE的进样量少,有限的核酸库容量是否影响毛细管电泳-指数富集配体系统进化(CE-SELEX)适配体的筛选效率,尚不明确。本研究以神经元特异性烯醇化酶(NSE)为模式蛋白,考察了CE筛选中核酸库容量对筛选效率的影响,以明确CE-SELEX方法的有效性。分别使用4个浓度(0.1、1、10和100 μmol/L)的初始核酸库进行适配体筛选,比较了初始库与经3轮筛选后的次级核酸库的亲和力。结果表明,4个核酸库筛选轮次间库亲和力相近,且经2轮筛选后均得到了微摩尔级别的核酸适配体。此外,用高浓度核酸库筛选获得的序列更具多样性,但未能提升候选序列亲和力。经2轮筛选得到NSE的核酸适配体Seq qN-01,其与NSE复合物的解离常数(KD)为(4.72±0.15) μmol/L,并表现出很好的特异性。综上,核酸库容量会提高后续富集库的序列多样性,但对适配体筛选效率没有显著影响。

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  • 收稿日期:  2019-11-25
  • 修回日期:  2020-01-20
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
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    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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