基于肠道微生物代谢产物的人结直肠癌诊断方法研究

江振作 张春泽 王跃飞 付文政

引用本文: 江振作,  张春泽,  王跃飞,  付文政. 基于肠道微生物代谢产物的人结直肠癌诊断方法研究[J]. 分析化学, 2016, 44(8): 1178-1184. doi: 10.11895/j.issn.0253-3820.160148 shu
Citation:  JIANG Zhen-Zuo,  ZHANG Chun-Ze,  WANG Yue-Fei,  FU Wen-Zheng. Establishment of a Novel Diagnostic Method for Colorectal Cancer Based on Metabolites of Intestinal Microorganism[J]. Chinese Journal of Analytical Chemistry, 2016, 44(8): 1178-1184. doi: 10.11895/j.issn.0253-3820.160148 shu

基于肠道微生物代谢产物的人结直肠癌诊断方法研究

  • 基金项目:

    本文系重大新药创制科技重大专项(No.2015ZX09J15102-004-004),天津市卫生计生委科技基金重点项目(No.2010KG206)资助

摘要: 建立气相色谱简单快速测定人粪便样品中短链脂肪酸(Short-chain fatty acids,SCFAs)的方法。粪便样品经1% HCl-75%乙醇溶液提取、高速离心,即用于GC测定。采用DB-FFAP毛细管柱(30 m×0.25 mm×0.25 μm),升温程序洗脱(初始温度50℃保持1 min,以10℃/min升至190℃);气化室温度为250℃;载气(高纯氮)线速度为1.0 mL/min;分流比为50:1,采用氢火焰离子化检测器检测。经系统方法学验证,证实本方法简单灵敏、准确可靠。采用多元统计分析方法成功区分健康志愿者和结直肠癌患者。与健康志愿者相比,结直肠癌患者粪便中乙酸、丁酸降低较为明显,提示SCFAs特别是丁酸可成为结直肠癌诊断的潜在标志物。本方法可用于结直肠癌患者和健康志愿者粪便中SCFAs的快速测定,并有望成为一种快速筛查和诊断结直肠癌的方法。

English

  • 结直肠癌(Colorectal cancer, CRC)是肠粘膜上皮在环境或遗传等多种致癌因素作用下发生的恶性病变[1],是全球三大恶性肿瘤之一,且呈明显的逐年上升趋势[2]。2015年,美国癌症协会的统计报告显示,美国男性和女性CRC的发病率和死亡率均位居恶性肿瘤的第3位[3]。中国结直肠癌诊疗规范(2015版)数据显示, 我国2011年CRC的发病率和死亡率分别为23.03/10万和11.11/10万,城市地区远高于农村[4]。该病起病隐匿,早期病变位于黏膜层及黏膜下层,多无明显的临床症状,易被忽视[5],且病情发展缓慢,直至中晚期才会出现明显临床症状,严重影响患者的治疗,降低患者的生存期。研究表明,大力开展CRC筛查和早期诊断工作,有助于降低CRC的发病率及死亡率[6, 7]。目前,CRC的诊断方法包括非侵袭性的光学检查和侵袭性的形态学检查[8],如粪便排泄物检查、结肠镜检查、CT结肠成像检查、肿瘤分子标记物诊断等[9, 10]。然而,这些诊断方法存在灵敏度低、特异性差、耐受性差、有出血和穿孔的危险、放射性危害等弊端[6~8]。因此,寻求新型灵敏、准确安全的CRC诊断方法意义重大。

    近年来,随着美国“人类微生物组计划”(Human Microbiome Project, HMP)和欧盟“人类肠道元基因组计划”(Metagenomics of the Human Intestinal Tract, MetaHIT)的启动,肠道菌群与CRC的发病关系成为研究的热点。已有研究表明,肠道菌群失调是诱发CRC的关键因素,这可能与肠道菌群失调导致肠道慢性炎症有关[11, 12],慢性炎症不断刺激肠道粘膜上皮,通过诱导基因突变,阻止细胞凋亡并刺激血管新生和细胞增殖,最后导致癌变[13]。目前,16S rRNA基因测序技术是研究肠道菌群的主要方法[14],如Zackular等[15]采用16S rRNA测序技术构建基于肠道菌群研究的CRC筛查方法。然而,该方法费用较高,对粪便样品要求较高,前处理复杂自动化低,测序准确性受多因素影响(如核酸提取、引物的选择、PCR扩增等)[16]

    本研究选用肠道菌群最终代谢产物短链脂肪酸(Short-chain fatty acids, SCFAs)反映机体内肠道菌群的状况,构建一种简单、快速测定粪便中SCFAs的GC法,并应用于CRC患者与健康志愿者的粪便检测,科学评价方法的特异性和准确性,以期成为一种CRC的诊断方法。

    GC-2010型气相色谱仪(日本Shimadzu公司),配有AOC-20i自动进样器;DB-FFAP毛细管柱(30 m×0.25 mm×0.25μm,美国Agilent公司);Milli-Q超纯水系统(美国Millipore公司);XS205十万分之一天平(瑞士METTLER TOLEDO公司);AL204万分之一天平(瑞士METTLER TOLEDO公司);SCIENTZ 25-12超声仪(宁波新芝生物科技股份有限公司)。

    乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸、2-乙基丁酸(内标化合物)对照品(纯度≥99%,美国Sigma公司);无水乙醇(天津市大茂化学试剂厂);HCl(天津市津东天正精细化学试剂厂)。

    本研究选取2014年12月~2015年1月期间在天津市人民医院收治的CRC患者作为研究对象,患者均已完成病理诊断并确诊为结直肠癌,术前(未给药及放化疗)收集患者粪便样品,立即冻于-80℃冰箱。患者年龄为54~79岁,中位数年龄为65岁;男性7例,女性5例;结肠癌4例,直肠癌8例;Duke分期:A期1例,B期5例,C期4例,D期2例;其中低分化腺癌4例,黏液腺癌2例,中分化腺癌6例,编号P1~P12。本研究经天津市人民医院医学伦理审查批准,粪便样本由张春泽医师收集;所有研究均获患者本人同意并签署知情同意书。

    13名健康志愿者粪便样本由本实验室科研人员提供,粪便样品收集后立即冻于-80℃冰箱,编号N1~N13。纳组标准:(1)既往无严重的消化系统疾病;(2)近期无消化系统不适或疾病;(3)近期无其他疾病、感染;(4)近期未服用过药物;(5)未处于妊娠、哺乳期,女性避开经期。研究经志愿者本人同意并签署知情同意书。

    对照品储备液配制:准确称取适量乙酸、丙酸、丁酸对照品,分别以乙醇溶解并定容至25 mL;准确称取适量异丁酸、异戊酸、戊酸标准品,分别以乙醇溶解并定容至10 mL,制成乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸分别为5.577, 2.998, 1.998, 5.188, 2.024和2.193 mg/mL的单一对照品储备液,于4℃保存。

    内标溶液配制:准确称取适量2-乙基丁酸,以乙醇溶解并定容至25 mL,制成5.603 mg/mL内标储备液;准确移取内标储备液16.70 mL,加13.30 mL HCl,并用乙醇定容至1000 mL,即得内标溶液(93.6μg/mL),于4℃保存。

    混合对照品溶液配制:取上述6个单一对照品储备液适量,加入2.5 mL纯水,100μL HCl、125μL内标储备液,用乙醇定容至10 mL,即得混合对照品储备液;用1% HCl-75%乙醇水溶液(含内标70μg/mL)倍比稀释得到混合对照品工作液。

    取-80℃冻存的粪便样品,立即用粉碎机粉碎均匀,精密称取0.5 g,加入2.5 mL纯水,涡旋混匀,加入7.5 mL内标溶液,涡旋混匀,14000 r/min离心10 min,取上清液进样分析。

    色谱柱:DB-FFAP(30 m×0.25 mm×0.25μm);升温程序:初始温度50℃保持1 min,以10℃/min升至190℃;气化室温度:250℃;载气:高纯氮(N2),线速度:1.0 mL/min;分流比:50:1;溶剂延迟:7 min;FID检测器:温度:250℃;尾吹气(N2):30 mL/min,H2:47.0 mL/min,Air:400 mL/min;进样量:5μL。

    数据采用SIMCA 14软件(Umetrics, Umeå, Sweden)进行主成分分析(Principal component analysis, PCA)和正交偏最小二乘法判别分析(Orthogonal partial least squares-discriminant analysis, OPLS-DA)。

    采用单变量分析法系统考察样品提取条件,包括提取溶剂(甲醇、乙醇)、提取溶剂比例(25%, 50%, 75%, 100%乙醇)、提取溶剂倍数(10, 20, 40倍),HCl浓度(0%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%),超声时间(0, 5和10 min)。最终确定采用1% HCl-75%乙醇溶液20倍量提取粪便时,SCFAs的总含量最高。

    SCFAs是碳链为1~6的有机酸[18],整体碳数与乙醇更接近,互溶性更好;粪便中SCFAs主要为乙酸、丙酸、丁酸[17],极性较大,故含水有机溶剂的提取效果比纯有机溶剂好;此外,SCFAs的酸性较强,在含水有机溶剂中易发生电离,使游离态SCFAs减少,在进行气相分析时,由于离子态SCFAs的沸点较高不易气化,不仅降低响应,而且还会污染甚至损坏色谱柱或仪器,因此需降低提取溶剂的pH值以抑制SCFAs的电离;SCFAs的挥发性较好,易损失,因此不宜采用超声或加热的方式提取。

    将2.3节的混合对照品工作液按2.5节的条件测定(图 1A),以化合物峰面积和内标峰面积比值(Y)对标准品浓度(x, μg/mL)进行线性回归。分别以信噪比3:1和10:1所对应的浓度为检出限和定量限,结果见表 1。结果表明,6个SCFAs在各自的线性范围内线性关系良好(R2=0.9999);LOD为0.11~0.26μg/mL;LOQ为0.32~0.78μg/mL,表明方法灵敏度高。

    图 1

    图 1  混合标准品(A)、健康志愿者(B)、CRC患者(C)的色谱图
    Figure 1.  Representative gas chromatograms of mixed standards solution (A), health volunteer (B) and colorectal cancer (CRC) patient (C)

    表 1

    表 1  短链脂肪酸的回归方程、相关系数、线性范围、检测限和定量限结果
    Table 1.  Regression equation, correlation coefficient, linear range, limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) of the six short-chain fatty acids (SCFAs)
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    化合物
    Compounds
    回归方程
    Regression
    equations
    相关系数
    Correlation
    coefficients
    (R2)
    线性范围
    Linearity ranges
    (μg/mL)
    检测限
    LOD
    (μg/mL)
    定量限
    LOQ
    (μg/mL)
    乙酸Acetic acid, AAy=0.0050x+0.00840.99993.632~929.70.240.73
    丙酸Propionic acid, PAy=0.0081x+0.00340.99991.561~399.60.260.78
    异丁酸Isobutyric acid, IBAy=0.0111x-0.00120.99990.325~83.310.110.32
    丁酸Butyric acid, BAy=0.0102x-0.00420.99992.383~610.10.200.60
    异戊酸Isovaleric acid, IVAy=0.0129x-0.00240.99990.534~136.80.180.53
    戊酸Valeric acid, VAy=0.0120x-0.00150.99990.476~121.90.160.48

    按2.4节制备供试品溶液,按2.5节的条件测定,连续进样6次考察日内精密度,连续测试3天考察日间精密度;平行制备6份供试品溶液,每份样品平行测定2次,考察重复性;制备一份供试品溶液,分别于0,1,2,3,4,5和6 h测定,考察供试品溶液短期稳定性,第7和14天重新制备并测定供试品溶液,考察粪便样品长期稳定性;准确称取粪便样品0.25 g,加入与样品中含量相当的6个SCFAs对照品储备液,按2.4节平行制备6份,按2.5节平行测定2次,进行加样回收实验,结果见表 2。结果表明,所有实验的RSD<5.7%(除异戊酸长期稳定性),表明本方法准确、稳定、重复性好;供试品溶液在室温放置6 h稳定;粪便样品在-80℃存放14天稳定。

    表 2

    表 2  6个SCFAs的日内、日间精密度,重复性,稳定性和加标回收实验结果
    Table 2.  Intra-and inter-day precisions, repeatability, stability and recovery of the 6 SCFAs
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    化合物
    Compounds
    日内精密度
    Intra-day
    RSD
    (%, n=6)
    日间精密度
    Inter-day
    RSD
    (%, n=5)
    重复性
    Repeatability (n=6)
    稳定性
    Stability (RSD,%)
    平均回收率
    Recovery (n=6)
    平均含量
    Mean
    (μg/g)
    RSD
    (%)
    短期
    Short-term
    长期
    Long-term
    回收率
    Recovery
    (%)
    RSD
    (%)
    AA1.02.132932.43.32.298.74.4
    PA1.62.414862.24.03.4102.04.0
    IBA3.64.71402.63.92.8106.32.6
    BA0.92.226092.12.02.8104.23.8
    IVA0.85.72623.10.56.598.02.8
    VA1.33.02401.81.11.2100.24.6

    采用本方法测定13名健康志愿者(图 1B)和12名CRC患者(图 1C)的粪便样品,结果见表 3,志愿者粪便中乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸的平均含量分别为3710, 1582, 166, 1992, 301和226μg/g,CRC患者的分别为3357, 1668, 227, 1293, 369和273μg/g。结果表明,与健康志愿者相比,CRC患者粪便中乙酸、丁酸降低较为明显,其余SCFAs变化较小,其中丁酸的含量降低尤为明显,约为健康志愿者的65%。这可能是由于CRC患者肠道中产生SCFAs的有益菌较正常人少,同时,丁酸是大肠上皮细胞的主要能量物质[19],肠道发生癌化时,丁酸的消耗量明显增加。

    表 3

    表 3  健康志愿者和CRC患者粪便中SCFAs测定结果(μg/g, x±SD, n=3)
    Table 3.  Results of SCFAs in feces from health volunteers and colorectal cancer (CRC) patients (μg/g, x±SD, n=3)
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    样品
    Sample
    AAPAIBABAIVAVA
    N12186±1221246±69290±102049±115572±37393±26
    N24364±691818±30181±92472±82278±4272±6
    N33301±161494±17140±52588±11262±11238±5
    N44512±2421932±120323±191279±87660±3737.8±2.1
    N53666±3881105±113220±182362±260382±38468±50
    N62679±60815±28267±31200±34586±1280±9
    N73598±521897±5141.5±2.11718±9269.2±3.294.5±5.8
    N82589±2811264±142213±261425±175346±36292±41
    N93447±1861312±83145±101488±76235±12198±10
    N105133±852089±31111±12536±33145±3180±3
    N113707±141272±8102±12483±15179±2182±2
    N124364±1182870±10099.0±3.51731±48163±5242±9
    N134686±531457±3023.0±1.42544±3331.1±0.965.5±0.8
    P16010±284162±33569±132964±751044±241228±25
    P26955±2622665±150425±213680±170711±37448±22
    P35714±1903591±11558.2±0.92477±7261.4±0.5187±4
    P41567±67842±35168±3536±21232±8153±6
    P52736±1901421±90118±8919±59193±13140±4
    P62616±301578±14150±6436±8152±236.7±1.7
    P71977±431428±20212±2597±11324±160.2±0.9
    P81258±2842.7±3.149.0±4.0192±6104±22.4±0.1
    P91778±15639±889.4±0.5697±6119±2129±2
    P105730±681729±26570±81495±21971±13492±5
    P112417±1011230±53189±71080±40352±15247±10
    P121525±24685±15120±3443±7166±1153±2

    将PCA分析后的8名患者和13名志愿者进行OPLS-DA分析,并进行方差分析(CV-ANOVA)。结果显示该模型的R2X(cum)=0.561,R2Y(cum)=0.779,Q2(cum)=0.708,CV-ANOVA p=0.000356566,证实该模型具有较高的解释率和预测率。如图 2B所示,两组样本点在OPLS-DA的得分图上得到很好地区分,表明所建OPLS-DA模型能将CRC患者和健康志愿者正确区分。此外,为了避免模型的过拟合,确保模型的可靠性,本文采用PLS-DA模型进行置换测试。经200次测试,结果如图 2C所示,R2Q2的验证结果均小于真实模型结果,且Q2的截距小于0,表明该模型有效、可靠,可应用于CRC患者的区分。

    结合协方差p[1],相关系数p(corr),变量投射重要性(Variable importance in projection, VIP)筛选CRC的诊断标志物。判别标准:|p[1]|>0.2[20],|p[corr]|>0.5[21],VIP>1.0[22]。如图 2D所示,乙酸、丙酸、特别是丁酸可作为CRC潜在的诊断标志物。

    将3.3节的测定结果作为输入变量进行PCA分析。由图 2A可知,主成分1(PC1)和PC2的累计贡献率为87.2%,其中,PC1=64.1%,PC2=23.1%,Q2(cum)=0.626,表明模式质量良好。如PCA得分图(Score plot)所示,13名健康志愿者和12名CRC患者聚成3类:其中,13名健康志愿者集中分布于得分图中部,提示健康志愿者SCFAs的含量相近;8名CRC患者集中分布于健康志愿者左侧,其SCFAs的含量较低;此外,4名CRC患者位于健康志愿者右侧,且呈离散分布,SCFAs含量均高于健康志愿者。结合病例及电话回访,得知得分图左侧8名患者日常/入院前饮食、作息习惯较为正常,而得分图右侧4名患者,在入院前,有2名患者因腹泻服用活菌制剂,1名患者素爱饮用酸奶,1名患者平时多食用膳食纤维类食物,从而导致该4名患者粪便中SCFAs的量较高甚至超过健康志愿者。本研究旨在构建“基于肠道微生物代谢产物的结直肠癌诊断方法”,需排除特殊干扰因素,故进一步将左侧8名患者和13名志愿者进行正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA),探索结直肠癌潜在的诊断标志物。

    图 2

    图 2  健康志愿者和CRC患者的主成分分析得分图(A)、正交偏最小二乘法判别分析得分图(B)、置换测试图(C)、OPLS-DA散点图
    Figure 2.  Principal component analysis (PCA) score plot (A), orthogonal partial least squares discriminant analysis (OPLS-DA) score plot (B), permutation test (C), and OPLS-DA scatter plot (D) of health volunteers and CRC patients

    基于肠道微生物代谢产物,构建一种快速诊断CRC的方法。采用GC法测定粪便中的SCFAs,通过多元统计分析,确定乙酸、丙酸,尤其是丁酸可作为CRC诊断的潜在标志物。本方法简单、灵敏,可用于CRC的快速诊断。

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      Jumhawan U,Putri S P,Yusianto,Marwani E,Bamba T,Fukusaki E.J.Agric.Food Chem.,2013,61(33):7994-8001

    20. [20]

      Kulakowski D M,Wu S B,Balick M J,Kennelly E J.J.Chromatogr.A,2014,1364:74-82

    21. [21]

      Mao Q,Bai M,Xu J D,Kong M,Zhu LY,Zhu H,Wang Q,Li S L.J.Pharm.Biomed.Anal.,2014,97:129-140

  • Figure 1  Representative gas chromatograms of mixed standards solution (A), health volunteer (B) and colorectal cancer (CRC) patient (C)

    Figure 2  Principal component analysis (PCA) score plot (A), orthogonal partial least squares discriminant analysis (OPLS-DA) score plot (B), permutation test (C), and OPLS-DA scatter plot (D) of health volunteers and CRC patients

    Table 1.  Regression equation, correlation coefficient, linear range, limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) of the six short-chain fatty acids (SCFAs)

    化合物
    Compounds
    回归方程
    Regression
    equations
    相关系数
    Correlation
    coefficients
    (R2)
    线性范围
    Linearity ranges
    (μg/mL)
    检测限
    LOD
    (μg/mL)
    定量限
    LOQ
    (μg/mL)
    乙酸Acetic acid, AAy=0.0050x+0.00840.99993.632~929.70.240.73
    丙酸Propionic acid, PAy=0.0081x+0.00340.99991.561~399.60.260.78
    异丁酸Isobutyric acid, IBAy=0.0111x-0.00120.99990.325~83.310.110.32
    丁酸Butyric acid, BAy=0.0102x-0.00420.99992.383~610.10.200.60
    异戊酸Isovaleric acid, IVAy=0.0129x-0.00240.99990.534~136.80.180.53
    戊酸Valeric acid, VAy=0.0120x-0.00150.99990.476~121.90.160.48
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    Table 2.  Intra-and inter-day precisions, repeatability, stability and recovery of the 6 SCFAs

    化合物
    Compounds
    日内精密度
    Intra-day
    RSD
    (%, n=6)
    日间精密度
    Inter-day
    RSD
    (%, n=5)
    重复性
    Repeatability (n=6)
    稳定性
    Stability (RSD,%)
    平均回收率
    Recovery (n=6)
    平均含量
    Mean
    (μg/g)
    RSD
    (%)
    短期
    Short-term
    长期
    Long-term
    回收率
    Recovery
    (%)
    RSD
    (%)
    AA1.02.132932.43.32.298.74.4
    PA1.62.414862.24.03.4102.04.0
    IBA3.64.71402.63.92.8106.32.6
    BA0.92.226092.12.02.8104.23.8
    IVA0.85.72623.10.56.598.02.8
    VA1.33.02401.81.11.2100.24.6
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    Table 3.  Results of SCFAs in feces from health volunteers and colorectal cancer (CRC) patients (μg/g, x±SD, n=3)

    样品
    Sample
    AAPAIBABAIVAVA
    N12186±1221246±69290±102049±115572±37393±26
    N24364±691818±30181±92472±82278±4272±6
    N33301±161494±17140±52588±11262±11238±5
    N44512±2421932±120323±191279±87660±3737.8±2.1
    N53666±3881105±113220±182362±260382±38468±50
    N62679±60815±28267±31200±34586±1280±9
    N73598±521897±5141.5±2.11718±9269.2±3.294.5±5.8
    N82589±2811264±142213±261425±175346±36292±41
    N93447±1861312±83145±101488±76235±12198±10
    N105133±852089±31111±12536±33145±3180±3
    N113707±141272±8102±12483±15179±2182±2
    N124364±1182870±10099.0±3.51731±48163±5242±9
    N134686±531457±3023.0±1.42544±3331.1±0.965.5±0.8
    P16010±284162±33569±132964±751044±241228±25
    P26955±2622665±150425±213680±170711±37448±22
    P35714±1903591±11558.2±0.92477±7261.4±0.5187±4
    P41567±67842±35168±3536±21232±8153±6
    P52736±1901421±90118±8919±59193±13140±4
    P62616±301578±14150±6436±8152±236.7±1.7
    P71977±431428±20212±2597±11324±160.2±0.9
    P81258±2842.7±3.149.0±4.0192±6104±22.4±0.1
    P91778±15639±889.4±0.5697±6119±2129±2
    P105730±681729±26570±81495±21971±13492±5
    P112417±1011230±53189±71080±40352±15247±10
    P121525±24685±15120±3443±7166±1153±2
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  • 收稿日期:  2016-03-02
  • 修回日期:  2016-04-11
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
  • 1. 

    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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