基于超快多维振动光谱技术解析分子体系的三维空间构型

陈海龙 边红涛 郑俊荣

引用本文: 陈海龙,  边红涛,  郑俊荣. 基于超快多维振动光谱技术解析分子体系的三维空间构型[J]. 物理化学学报, 2017, 33(1): 40-62. doi: 10.3866/PKU.WHXB201609192 shu
Citation:  CHEN Hai-Long,  BIAN Hong-Tao,  ZHENG Jun-Rong. Determining 3D Molecular Conformations with Ultrafast Multiple-Dimensional Vibrational Spectroscopy[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2017, 33(1): 40-62. doi: 10.3866/PKU.WHXB201609192 shu

基于超快多维振动光谱技术解析分子体系的三维空间构型

    作者简介: 陈海龙,1984年生。2002年本科毕业于北京大学物理学院物理学系,2011年博士毕业于中国科学院物理研究所光学专业。2011-2016年在美国莱斯大学化学系从事博士后研究。现为中国科学院物理研究所软物质物理重点实验室副研究员。主要研究方向为各类先进超快激光光谱技术的发展以及应用,分子体系微观结构及分子间能量传递过程的测量,二维材料及各类光电材料中超快光电转换过程机理的研究。主持国家自然科学基金1项;边红涛,1982年生。2003年本科毕业于西安交通大学理学院应用化学系,2009年博士毕业于中国科学院化学研究所物理化学专业。随后在美国莱斯大学和埃默里大学从事博士后研究。2016年加入陕西师范大学化学化工学院。主要从事超快激光光谱新技术应用和新方法的建立,在分子层次上开展各种凝聚相体系和各种界面/表面的分子构象和取向结构、分子间能量传递物理化学过程等方面的研究。参与国家自然科学基金3项;郑俊荣,1973年生。1997年本科毕业于北京大学化学系,2000年北京大学高分子化学硕士。2003年美国伦塞勒理工高分子物理硕士。2007年美国斯坦福大学物理化学博士。2008-2009年分别在美国斯坦福大学和加州大学伯克利分校从事博士后和访问学者研究。2009-2015年在美国莱斯大学化学系任教。2015年加入北京大学化学与分子工程学院。主要研究方向为各类先进超快激光光谱技术和二次电池的开发、应用及商品化。美国斯隆奖和帕卡德奖获得者。主持美国及中国自然科学基金、美国空军及美国化学会等组织科研项目13项。;


  • 基金项目:

    美国空军科学研究局青年学者奖(FA9550-11-1-0070),美国空军科学研究局多学科大学研究创新基金(FA9550-15-1-0022),美国韦尔奇基金(C-1752),美国国家科学基金(CHE-1503865),美国化学学会石油研究基金及美国帕卡德奖和美国斯隆奖资助

摘要: 超快多维振动光谱技术目前已经被广泛应用到各种凝聚态分子体系中分子的结构以及快速变化动力学过程的测量之中,并有望成为新一代解析分子体系微观结构及超快行为的常规手段。本文从两个主线出发,介绍如何利用超快多维振动光谱技术解析分子体系的三维空间构型。一方面通过测量分子内各个振动模式跃迁偶极矩间的夹角来获得分子体系内不同基团的相对空间取向,并最终确定分子的空间构型。另一方面,通过详细解析分子间振动能量转移的机理,进而将实验中测得的振动能量转移速率转化为分子之间的距离信息。

English

    1. [1]

      Cahoon, J. F.; Sawyer, K. R.; Schlegel, J. P.; Harris, C. B.Science 2008, 319, 1820. doi: 10.1126/science.1154041

    2. [2]

      Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P.Nature 2006, 444, 469. doi: 10.1038/nature05352

    3. [3]

      Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Hamm, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 990. doi: 10.1021/ja0380190

    4. [4]

      Hamm, P.; Lim, M.; Degrado, W. F.; Hochstrasser, R. M.J. Chem. Phys. 2000, 112, 1907. doi: 10.1063/1.480772

    5. [5]

      Bredenbeck, J.; Ghosh, A.; Smits, M.; Bonn, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2152. doi: 10.1021/ja710099c5

    6. [6]

      Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Goun, A.; Fayer, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 237402. doi: 10.1103/PhysRevLett.91.2374026.

    7. [7]

      Zheng, J.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 75. doi: 10.1021/ar068010d

    8. [8]

      Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 14197. doi: 10.1073pnas.0700804104

    9. [9]

      Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258. doi: 10.1021/jp0219247

    10. [10]

      Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 8219. doi: 10.1073pnas.140227997

    11. [11]

      Tanimura, Y.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9496. doi: 10.1063/1.465484

    12. [12]

      Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.

    13. [13]

      Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 047401(4). doi: 10.1103/PhysRevLett.90.047401

    14. [14]

      Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A.Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2154. doi: 10.1103PhysRevLett.86.2154

    15. [15]

      Rubtsov, I. V.; Kumar, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 439. doi: 10.1016/j.cplett.2004.12.08315

    16. [16]

      Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M.J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520. doi: 10.1021/jp0100093

    17. [17]

      Cervetto, V.; Helbing, J.; Bredenbeck, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5935. doi: 10.1063/1.1778163

    18. [18]

      Sanda, F.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 014507. doi: 10.1063/1.2205367

    19. [19]

      Wang, J. P.; Chen, J. X.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7545. doi: 10.1021/jp057564f

    20. [20]

      Maekawa, H.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Ge, N. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6556. doi: 10.1021/ja8007165

    21. [21]

      Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 3528. doi: 10.1073pnas.0508833103

    22. [22]

      Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5834. doi: 10.1021jp057472q

    23. [23]

      Baiz, C. R.; Nee, M. J.; McCanne, R.; Kubarych, K. J. Opt. Lett. 2008, 33, 2533. doi: 10.1364/OL.33.002533

    24. [24]

      Zheng, J.; Kwac, K.; Xie, J.; Fayer, M. D. Science 2006, 313, 1951. doi: 10.1126/science.1132178

    25. [25]

      Zheng, J. R.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4328. doi: 10.1021/ja067760f

    26. [26]

      Zheng, J.; Kwak, K.; Asbury, J. B.; Chen, X.; Piletic, I.; Fayer, M. D. Science 2005, 309, 1338. doi: 10.1126/science.1116213

    27. [27]

      Zhao, W.; Wright, J. C. Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 1411. doi: 10.1103/PhysRevLett.84.1411

    28. [28]

      Wright, J. C. Int. Rev. Phys. Chem. 2002, 21, 185. doi: 10.108001442350210124506

    29. [29]

      Pakoulev, A. V.; Rickard, M. A.; Meyer, K. A.; Kornau, K.; Mathew, N. A.; Thompson, D. E.; Wright, J. C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3352. doi: 10.1021/jp057339y

    30. [30]

      Moilanen, D. E.; Wong, D.; Rosenfeld, D. E.; Fenn, E. E.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 375. doi: 10.1073/pnas.0811489106

    31. [31]

      Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1107. doi: 10.1021/jp036266k

    32. [32]

      Steinel, T.; Asbury, J. B.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 295. doi: 10.1016/j.cplett.2004.01.042

    33. [33]

      Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A.Chem. Phys. 2007, 341, 218. doi: 10.1016/j.chemphys.2007.06.056

    34. [34]

      Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194522. doi: 10.1063/1.2382896

    35. [35]

      Fecko, C. J.; Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Science 2003, 301, 1698. doi: 10.1126science.1087251

    36. [36]

      Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199. doi: 10.1038/nature03383

    37. [37]

      Cervetto, V.; Hamm, P.; Helbing, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8398. doi: 10.1021/jp801166q

    38. [38]

      Kozinski, M.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7645. doi: 10.1021/jp8005734

    39. [39]

      Finkelstein, I. J.; Zheng, J. R.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1533. doi: 10.1039/B618158A

    40. [40]

      Finkelstein, I. J.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Massari, A. M.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2637. doi: 10.1073/pnas.0610027104

    41. [41]

      Treuffet, J.; Kubarych, K. J.; Lambry, J. C.; Pilet, E.; Masson, J. B.; Martin, J. L.; Vos, M. H.; Joffre, M.; Alexandrou, A.Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 15705. doi: 10.1073pnas.0703279104

    42. [42]

      Ishikawa, H.; Kwak, K.; Chung, J. K.; Kim, S.; Fayer, M. D.Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 8619. doi: 10.1073pnas.0803764105

    43. [43]

      Ganim, Z.; Chung, H. S.; Smith, A.W.; Deflores, L. P.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 432. doi: 10.1021/ar700188n

    44. [44]

      DeCamp, M. F.; DeFlores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016. doi: 10.1021/jp050257p

    45. [45]

      Fang, C.; Bauman, J. D.; Das, K.; Remorino, A.; Arnold, E.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 1472. doi: 10.1073/pnas.0709320104

    46. [46]

      Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24740. doi: 10.1021/jp0640530

    47. [47]

      Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001, 266, 137. doi: 10.1016/S0301-0104(01)00224-5

    48. [48]

      Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 11185. doi: 10.1073/pnas.0504865102

    49. [49]

      Zheng, J.; Kwak, K.; Chen, X.; Asbury, J. B.; Fayer, M. D.J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2977. doi: 10.1021/ja0570584

    50. [50]

      Zheng, J.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10221. doi: 10.1021/jp804087v

    51. [51]

      Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 362. doi: 10.1063/1.1756870

    52. [52]

      Zheng, J.; Kwak, K.; Steinel, T.; Asbury, J. B.; Chen, X.; Xie, J.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 164301. doi: 10.1063/1.2071967

    53. [53]

      Naraharisetty, S. R. G.; Kasyanenko, V. M.; Rubtsov, I. V.J. Chem. Phys. 2008, 128, 104502. doi: 10.1063/1.2842071

    54. [54]

      Naraharisetty, S. R. G.; Kurochkin, D. V.; Rubtsov, I. V. Chem. Phys. Lett. 2007, 437, 262. doi: 10.1016/j.cplett.2007.02.020

    55. [55]

      Nee, M. J.; Baiz, C. R.; Anna, J. M.; McCanne, R.; Kubarych, K. J. J. Chem. Phys. 2008, 129, 084503. doi: 10.10631.2969900

    56. [56]

      Barbour, L.W.; Hegadorn, M.; Asbury, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15884. doi: 10.1021/ja074657x

    57. [57]

      Barbour, L.W.; Hegadorn, M.; Asbury, J. B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24281. doi: 10.1021/jp065639p

    58. [58]

      Chen, H.; Zhang, Q.; Guo, X.; Wen, X.; Li, J.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2015, 119, 669. doi: 10.1021jp511651t

    59. [59]

      Chen, H.; Wen, X.; Li, J.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2014, 118, 2463. doi: 10.1021/jp500586h

    60. [60]

      Chen, H.; Wen, X.; Guo, X. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16, 13995. doi: 10.1039/C4CP01300J

    61. [61]

      Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. Int. Rev. Phys. Chem. 2012, 31, 469. doi: 10.1080/0144235X.2012.733116

    62. [62]

      Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 6052. doi: 10.1021/jp312604v

    63. [63]

      Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Guo, X.; Wen, X.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 15614. doi: 10.1021/jp406232k

    64. [64]

      Chen, H.; Zhang, Y.; Li, J.; Liu, H.; Jiang, D. E.; Zheng, J.

    65. [65]

      J. Phys. Chem. A 2013, 117, 8407. doi: 10.1021/jp406304c

    66. [66]

      Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zhang, Q.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2015, 119, 4333. doi: 10.1021jp512320a

    67. [67]

      Bian, H.; Chen, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11657. doi: 10.1021/jp206937u

    68. [68]

      Bian, H.; Chen, H.; Zhang, Q.; Li, J.; Wen, X.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 7972. doi: 10.1021jp4016646

    69. [69]

      Bian, H.; Li, J.; Chen, H.; Yuan, K.; Wen, X.; Li, Y.; Sun, Z.; Zheng, J. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 7913. doi: 10.1021jp300970p

    70. [70]

      Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Sun, Z.; Song, J.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 3357. doi: 10.1021/jp200516p

    71. [71]

      Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. R. J. Chem. Phys. 2010, 132, 184505. doi: 10.1063/1.3429170

    72. [72]

      Bian, H.; Li, J.; Zhang, Q.; Chen, H.; Zhuang, W.; Gao, Y. Q.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 14426. doi: 10.1021jp310153n

    73. [73]

      Bian, H.; Wen, X.; Li, J.; Chen, H.; Han, S.; Sun, X.; Song, J.; Zhuang, W.; Zheng, J. Proc. Nat. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 4737. doi: 10.1073/pnas.1019565108

    74. [74]

      Li, J.; Bian, H.; Chen, H.; Wen, X.; Hoang, B.; Zheng, J.J. Phys. Chem. B 2012, 117, 4274. doi: 10.1021/jp3053373

    75. [75]

      Li, J.; Bian, H.; Wen, X.; Chen, H.; Yuan, K.; Zheng, J.J. Phys. Chem. B 2012, 116, 12284. doi: 10.1021/jp306369w

    76. [76]

      Shen, Y.; Wu, T.; Jiang, B.; Deng, G.; Li, J.; Chen, H.; Guo, X.; Ge, C.; Chen, Y.; Hong, J. J. Phys. Chem. B 2015, 119, 9893. doi: 10.1021/acs.jpcb.5b04530

    77. [77]

      Tian, P.; Keusters, D.; Suzaki, Y.; Warren, W. S. Science 2003, 300, 1553. doi: 10.1126/science.1083433

    78. [78]

      DeFlores, L. P.; Ganim, Z.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A.J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3385. doi: 10.1021/ja8094922

    79. [79]

      Haleblian, J.; McCrone, W. J. Pharm. Sci. 1969, 58, 911. doi: 10.1002/jps.2600580802

    80. [80]

      Haleblian, J. K. J. Pharm. Sci. 1975, 64, 1269. doi: 10.1002jps.2600640805

    81. [81]

      Borka, L.; Haleblian, J. K. Acta Pharm. Jugosl. 1990, 40, 71.

    82. [82]

      Weissenhorn, W.; Dessen, A.; Calder, L.; Harrison, S.; Skehel, J.; Wiley, D. Mol. Membr. Biol 1999, 16, 3. doi: 10.1080096876899294706

    83. [83]

      Gibbons, D. L.; Vaney, M. C.; Roussel, A.; Vigouroux, A.; Reilly, B.; Lepault, J.; Kielian, M.; Rey, F. A. Nature 2004, 427, 320. doi: 10.1038/nature02239

    84. [84]

      Ernst, R. R.; Bodenhausen, G.; Wokaun, A. Nuclear Magnetic Resonance in One and Two Dimensions; Oxford UniversityPress: Oxford, U. K., 1987.

    85. [85]

      Bifulco, G.; Dambruoso, P.; Gomez-Paloma, L.; Riccio, R.Chem. Rev. 2007, 107, 3744. doi: 10.1021/cr030733c

    86. [86]

      DeFlores, L. P.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A. Opt. Lett. 2007, 32, 2966. doi: 10.1364/OL.32.002966

    87. [87]

      Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Zanni, M. T. Opt. Express. 2006, 14, 13120. doi: 10.1364/OE.14.013120

    88. [88]

      Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Fulmer, E. C.; Zanni, M. T. Opt. Lett. 2006, 31, 838. doi: 10.1364/OL.31.000838

    89. [89]

      Shim, S. H.; Zanni, M. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 748. doi: 10.1039/B813817F

    90. [90]

      Xiong, W.; Zanni, M. T. Opt. Lett. 2008, 33, 1371. doi: 10.1364/OL.33.001371

    91. [91]

      Zheng, J. Ultrafast Chemical Exchange Spectroscopy; VDMVerlag: Saarbrücken, Germany, 2008.

    92. [92]

      Asbury, J. B.; Steinel, T.; Fayer, M. D. J. Lumin. 2004, 107, 271. doi: 10.1016/j.jlumin.2003.12.035

    93. [93]

      Calabrese, C.; Stingel, A. M.; Shen, L.; Petersen, P. B. Opt. Lett. 2012, 37, 2265. doi: 10.1364/OL.37.002265

    94. [94]

      Petersen, P. B.; Tokmakoff, A. Opt. Lett. 2010, 35, 1962. doi: 10.1364/OL.35.001962

    95. [95]

      Gattermann, L. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 1885, 18, 1482. doi: 10.1002/cber.188501801319

    96. [96]

      Moore, J. C.; Yeadon, A.; Palmer, R. A. J. Chem. Crystallogr. 1983, 13, 279. doi: 10.1007/BF01158908

    97. [97]

      Fayer, M. D. Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy; Marcel Dekker, Inc: New York, Basel, 2001; Vol. 26.

    98. [98]

      Lakowicz, J. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3rd ed.; Springer: New York, 2006.

    99. [99]

      Murray, C. B.; Kagan, C. R.; Bawendi, M. G. Annu. Rev. Mater. Sci. 2000, 30, 545. doi: 10.1146/annurev.matsci.30.1.545

    100. [100]

      Penn, S. G.; He, L.; Natan, M. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 609. doi: 10.1016/j.cbpa.2003.08.013

    101. [101]

      Bell, A. T. Science 2003, 299, 1688. doi: 10.1126science.1083671

  • 加载中
计量
  • PDF下载量:  4
  • 文章访问数:  2365
  • HTML全文浏览量:  278
文章相关
  • 收稿日期:  2016-07-22
  • 修回日期:  2016-09-16
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
  • 1. 

    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

  1. 本站搜索
  2. 百度学术搜索
  3. 万方数据库搜索
  4. CNKI搜索

/

返回文章