Citation: CHEN Hai-Long, BIAN Hong-Tao, ZHENG Jun-Rong. Determining 3D Molecular Conformations with Ultrafast Multiple-Dimensional Vibrational Spectroscopy[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2017, 33(1): 40-62. doi: 10.3866/PKU.WHXB201609192
基于超快多维振动光谱技术解析分子体系的三维空间构型
English
Determining 3D Molecular Conformations with Ultrafast Multiple-Dimensional Vibrational Spectroscopy
-
-
[1]
Cahoon, J. F.; Sawyer, K. R.; Schlegel, J. P.; Harris, C. B.Science 2008, 319, 1820. doi: 10.1126/science.1154041
-
[2]
Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P.Nature 2006, 444, 469. doi: 10.1038/nature05352
-
[3]
Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Hamm, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 990. doi: 10.1021/ja0380190
-
[4]
Hamm, P.; Lim, M.; Degrado, W. F.; Hochstrasser, R. M.J. Chem. Phys. 2000, 112, 1907. doi: 10.1063/1.480772
-
[5]
Bredenbeck, J.; Ghosh, A.; Smits, M.; Bonn, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2152. doi: 10.1021/ja710099c5
-
[6]
Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Gaffney, K. J.; Piletic, I. R.; Goun, A.; Fayer, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 237402. doi: 10.1103/PhysRevLett.91.2374026.
-
[7]
Zheng, J.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 75. doi: 10.1021/ar068010d
-
[8]
Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 14197. doi: 10.1073pnas.0700804104
-
[9]
Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258. doi: 10.1021/jp0219247
-
[10]
Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 8219. doi: 10.1073pnas.140227997
-
[11]
Tanimura, Y.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9496. doi: 10.1063/1.465484
-
[12]
Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
-
[13]
Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 047401(4). doi: 10.1103/PhysRevLett.90.047401
-
[14]
Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A.Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2154. doi: 10.1103PhysRevLett.86.2154
-
[15]
Rubtsov, I. V.; Kumar, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 439. doi: 10.1016/j.cplett.2004.12.08315
-
[16]
Zanni, M. T.; Gnanakaran, S.; Stenger, J.; Hochstrasser, R. M.J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6520. doi: 10.1021/jp0100093
-
[17]
Cervetto, V.; Helbing, J.; Bredenbeck, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5935. doi: 10.1063/1.1778163
-
[18]
Sanda, F.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 014507. doi: 10.1063/1.2205367
-
[19]
Wang, J. P.; Chen, J. X.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7545. doi: 10.1021/jp057564f
-
[20]
Maekawa, H.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Ge, N. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6556. doi: 10.1021/ja8007165
-
[21]
Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 3528. doi: 10.1073pnas.0508833103
-
[22]
Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5834. doi: 10.1021jp057472q
-
[23]
Baiz, C. R.; Nee, M. J.; McCanne, R.; Kubarych, K. J. Opt. Lett. 2008, 33, 2533. doi: 10.1364/OL.33.002533
-
[24]
Zheng, J.; Kwac, K.; Xie, J.; Fayer, M. D. Science 2006, 313, 1951. doi: 10.1126/science.1132178
-
[25]
Zheng, J. R.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4328. doi: 10.1021/ja067760f
-
[26]
Zheng, J.; Kwak, K.; Asbury, J. B.; Chen, X.; Piletic, I.; Fayer, M. D. Science 2005, 309, 1338. doi: 10.1126/science.1116213
-
[27]
Zhao, W.; Wright, J. C. Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 1411. doi: 10.1103/PhysRevLett.84.1411
-
[28]
Wright, J. C. Int. Rev. Phys. Chem. 2002, 21, 185. doi: 10.108001442350210124506
-
[29]
Pakoulev, A. V.; Rickard, M. A.; Meyer, K. A.; Kornau, K.; Mathew, N. A.; Thompson, D. E.; Wright, J. C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 3352. doi: 10.1021/jp057339y
-
[30]
Moilanen, D. E.; Wong, D.; Rosenfeld, D. E.; Fenn, E. E.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 375. doi: 10.1073/pnas.0811489106
-
[31]
Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1107. doi: 10.1021/jp036266k
-
[32]
Steinel, T.; Asbury, J. B.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 295. doi: 10.1016/j.cplett.2004.01.042
-
[33]
Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A.Chem. Phys. 2007, 341, 218. doi: 10.1016/j.chemphys.2007.06.056
-
[34]
Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194522. doi: 10.1063/1.2382896
-
[35]
Fecko, C. J.; Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Science 2003, 301, 1698. doi: 10.1126science.1087251
-
[36]
Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199. doi: 10.1038/nature03383
-
[37]
Cervetto, V.; Hamm, P.; Helbing, J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8398. doi: 10.1021/jp801166q
-
[38]
Kozinski, M.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7645. doi: 10.1021/jp8005734
-
[39]
Finkelstein, I. J.; Zheng, J. R.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1533. doi: 10.1039/B618158A
-
[40]
Finkelstein, I. J.; Ishikawa, H.; Kim, S.; Massari, A. M.; Fayer, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2637. doi: 10.1073/pnas.0610027104
-
[41]
Treuffet, J.; Kubarych, K. J.; Lambry, J. C.; Pilet, E.; Masson, J. B.; Martin, J. L.; Vos, M. H.; Joffre, M.; Alexandrou, A.Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 15705. doi: 10.1073pnas.0703279104
-
[42]
Ishikawa, H.; Kwak, K.; Chung, J. K.; Kim, S.; Fayer, M. D.Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 8619. doi: 10.1073pnas.0803764105
-
[43]
Ganim, Z.; Chung, H. S.; Smith, A.W.; Deflores, L. P.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 432. doi: 10.1021/ar700188n
-
[44]
DeCamp, M. F.; DeFlores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016. doi: 10.1021/jp050257p
-
[45]
Fang, C.; Bauman, J. D.; Das, K.; Remorino, A.; Arnold, E.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 1472. doi: 10.1073/pnas.0709320104
-
[46]
Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I. T.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24740. doi: 10.1021/jp0640530
-
[47]
Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001, 266, 137. doi: 10.1016/S0301-0104(01)00224-5
-
[48]
Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 11185. doi: 10.1073/pnas.0504865102
-
[49]
Zheng, J.; Kwak, K.; Chen, X.; Asbury, J. B.; Fayer, M. D.J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2977. doi: 10.1021/ja0570584
-
[50]
Zheng, J.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 10221. doi: 10.1021/jp804087v
-
[51]
Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 362. doi: 10.1063/1.1756870
-
[52]
Zheng, J.; Kwak, K.; Steinel, T.; Asbury, J. B.; Chen, X.; Xie, J.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 2005, 123, 164301. doi: 10.1063/1.2071967
-
[53]
Naraharisetty, S. R. G.; Kasyanenko, V. M.; Rubtsov, I. V.J. Chem. Phys. 2008, 128, 104502. doi: 10.1063/1.2842071
-
[54]
Naraharisetty, S. R. G.; Kurochkin, D. V.; Rubtsov, I. V. Chem. Phys. Lett. 2007, 437, 262. doi: 10.1016/j.cplett.2007.02.020
-
[55]
Nee, M. J.; Baiz, C. R.; Anna, J. M.; McCanne, R.; Kubarych, K. J. J. Chem. Phys. 2008, 129, 084503. doi: 10.10631.2969900
-
[56]
Barbour, L.W.; Hegadorn, M.; Asbury, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15884. doi: 10.1021/ja074657x
-
[57]
Barbour, L.W.; Hegadorn, M.; Asbury, J. B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24281. doi: 10.1021/jp065639p
-
[58]
Chen, H.; Zhang, Q.; Guo, X.; Wen, X.; Li, J.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2015, 119, 669. doi: 10.1021jp511651t
-
[59]
Chen, H.; Wen, X.; Li, J.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2014, 118, 2463. doi: 10.1021/jp500586h
-
[60]
Chen, H.; Wen, X.; Guo, X. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16, 13995. doi: 10.1039/C4CP01300J
-
[61]
Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. Int. Rev. Phys. Chem. 2012, 31, 469. doi: 10.1080/0144235X.2012.733116
-
[62]
Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2013, 117, 6052. doi: 10.1021/jp312604v
-
[63]
Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Guo, X.; Wen, X.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 15614. doi: 10.1021/jp406232k
-
[64]
Chen, H.; Zhang, Y.; Li, J.; Liu, H.; Jiang, D. E.; Zheng, J.
-
[65]
J. Phys. Chem. A 2013, 117, 8407. doi: 10.1021/jp406304c
-
[66]
Chen, H.; Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zhang, Q.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2015, 119, 4333. doi: 10.1021jp512320a
-
[67]
Bian, H.; Chen, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11657. doi: 10.1021/jp206937u
-
[68]
Bian, H.; Chen, H.; Zhang, Q.; Li, J.; Wen, X.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 7972. doi: 10.1021jp4016646
-
[69]
Bian, H.; Li, J.; Chen, H.; Yuan, K.; Wen, X.; Li, Y.; Sun, Z.; Zheng, J. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 7913. doi: 10.1021jp300970p
-
[70]
Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Sun, Z.; Song, J.; Zhuang, W.; Zheng, J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 3357. doi: 10.1021/jp200516p
-
[71]
Bian, H.; Li, J.; Wen, X.; Zheng, J. R. J. Chem. Phys. 2010, 132, 184505. doi: 10.1063/1.3429170
-
[72]
Bian, H.; Li, J.; Zhang, Q.; Chen, H.; Zhuang, W.; Gao, Y. Q.; Zheng, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 14426. doi: 10.1021jp310153n
-
[73]
Bian, H.; Wen, X.; Li, J.; Chen, H.; Han, S.; Sun, X.; Song, J.; Zhuang, W.; Zheng, J. Proc. Nat. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 4737. doi: 10.1073/pnas.1019565108
-
[74]
Li, J.; Bian, H.; Chen, H.; Wen, X.; Hoang, B.; Zheng, J.J. Phys. Chem. B 2012, 117, 4274. doi: 10.1021/jp3053373
-
[75]
Li, J.; Bian, H.; Wen, X.; Chen, H.; Yuan, K.; Zheng, J.J. Phys. Chem. B 2012, 116, 12284. doi: 10.1021/jp306369w
-
[76]
Shen, Y.; Wu, T.; Jiang, B.; Deng, G.; Li, J.; Chen, H.; Guo, X.; Ge, C.; Chen, Y.; Hong, J. J. Phys. Chem. B 2015, 119, 9893. doi: 10.1021/acs.jpcb.5b04530
-
[77]
Tian, P.; Keusters, D.; Suzaki, Y.; Warren, W. S. Science 2003, 300, 1553. doi: 10.1126/science.1083433
-
[78]
DeFlores, L. P.; Ganim, Z.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A.J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3385. doi: 10.1021/ja8094922
-
[79]
Haleblian, J.; McCrone, W. J. Pharm. Sci. 1969, 58, 911. doi: 10.1002/jps.2600580802
-
[80]
Haleblian, J. K. J. Pharm. Sci. 1975, 64, 1269. doi: 10.1002jps.2600640805
-
[81]
Borka, L.; Haleblian, J. K. Acta Pharm. Jugosl. 1990, 40, 71.
-
[82]
Weissenhorn, W.; Dessen, A.; Calder, L.; Harrison, S.; Skehel, J.; Wiley, D. Mol. Membr. Biol 1999, 16, 3. doi: 10.1080096876899294706
-
[83]
Gibbons, D. L.; Vaney, M. C.; Roussel, A.; Vigouroux, A.; Reilly, B.; Lepault, J.; Kielian, M.; Rey, F. A. Nature 2004, 427, 320. doi: 10.1038/nature02239
-
[84]
Ernst, R. R.; Bodenhausen, G.; Wokaun, A. Nuclear Magnetic Resonance in One and Two Dimensions; Oxford UniversityPress: Oxford, U. K., 1987.
-
[85]
Bifulco, G.; Dambruoso, P.; Gomez-Paloma, L.; Riccio, R.Chem. Rev. 2007, 107, 3744. doi: 10.1021/cr030733c
-
[86]
DeFlores, L. P.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A. Opt. Lett. 2007, 32, 2966. doi: 10.1364/OL.32.002966
-
[87]
Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Zanni, M. T. Opt. Express. 2006, 14, 13120. doi: 10.1364/OE.14.013120
-
[88]
Shim, S. H.; Strasfeld, D. B.; Fulmer, E. C.; Zanni, M. T. Opt. Lett. 2006, 31, 838. doi: 10.1364/OL.31.000838
-
[89]
Shim, S. H.; Zanni, M. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 748. doi: 10.1039/B813817F
-
[90]
Xiong, W.; Zanni, M. T. Opt. Lett. 2008, 33, 1371. doi: 10.1364/OL.33.001371
-
[91]
Zheng, J. Ultrafast Chemical Exchange Spectroscopy; VDMVerlag: Saarbrücken, Germany, 2008.
-
[92]
Asbury, J. B.; Steinel, T.; Fayer, M. D. J. Lumin. 2004, 107, 271. doi: 10.1016/j.jlumin.2003.12.035
-
[93]
Calabrese, C.; Stingel, A. M.; Shen, L.; Petersen, P. B. Opt. Lett. 2012, 37, 2265. doi: 10.1364/OL.37.002265
-
[94]
Petersen, P. B.; Tokmakoff, A. Opt. Lett. 2010, 35, 1962. doi: 10.1364/OL.35.001962
-
[95]
Gattermann, L. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 1885, 18, 1482. doi: 10.1002/cber.188501801319
-
[96]
Moore, J. C.; Yeadon, A.; Palmer, R. A. J. Chem. Crystallogr. 1983, 13, 279. doi: 10.1007/BF01158908
-
[97]
Fayer, M. D. Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy; Marcel Dekker, Inc: New York, Basel, 2001; Vol. 26.
-
[98]
Lakowicz, J. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3rd ed.; Springer: New York, 2006.
-
[99]
Murray, C. B.; Kagan, C. R.; Bawendi, M. G. Annu. Rev. Mater. Sci. 2000, 30, 545. doi: 10.1146/annurev.matsci.30.1.545
-
[100]
Penn, S. G.; He, L.; Natan, M. J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 609. doi: 10.1016/j.cbpa.2003.08.013
-
[101]
Bell, A. T. Science 2003, 299, 1688. doi: 10.1126science.1083671
-
[1]
-
扫一扫看文章
计量
- PDF下载量: 4
- 文章访问数: 2365
- HTML全文浏览量: 278

下载: