紫杉醚与αβ微管蛋白的分子对接

徐志广 许旋 袁传能

引用本文: 徐志广, 许旋, 袁传能. 紫杉醚与αβ微管蛋白的分子对接[J]. 物理化学学报, 2008, 24(10): 1839-1844. doi: 10.3866/PKU.WHXB20081017 shu
Citation:  XU Zhi-Guang, XU Xuan, YUAN Chuan-Neng. Molecular Docking on Taxotere Binding to αβ-Tubulin[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2008, 24(10): 1839-1844. doi: 10.3866/PKU.WHXB20081017 shu

紫杉醚与αβ微管蛋白的分子对接

摘要: 采用Insight II/Affinity对紫杉醚与αβ微管蛋白进行分子对接, 共得到10个对接构象. 应用密度泛函B3LYP/6-31G 方法计算对接口袋构象的结合能, 筛选出结合能达-190.53 kJ·mol-1的最优对接构象5. 通过构象分析建立紫杉醚与受体结合的作用模型, 结果表明, 在活性口袋的底部紫杉醚与受体间的作用主要是疏水作用, 而在活性口袋的顶部两者间主要是氢键作用. 氢键作用位置可分为A和B两个作用区, 其中A区有3个氢键, 由C13侧链分别与受体的ASP26和ARG369作用形成; B区也有3个氢键, 是由紫杉醚母环上的极性基团分别与受体的THR276、ARG278和GLN282作用产生的. 紫杉醚与αβ微管蛋白间形成的6个氢键可以有效地将紫杉醚固定在活性口袋中.

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  • 发布日期:  2008-10-08
  • 收稿日期:  2008-04-01
  • 网络出版日期:  2008-07-31
通讯作者: 陈斌, bchen63@163.com
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    沈阳化工大学材料科学与工程学院 沈阳 110142

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